Descubren la microbiota intestinal de un joven que vivió hace mil años en el México prehispánico
Un joven que murió hace casi mil años en el México prehispánico aún guarda secretos en su interior: su microbiota intestinal. Los científicos han logrado reconstruir su ecosistema invisible y su modo de vida.
Por Enrique Coperías
El hombre de Zimapán, conocido también como Hña Hñu, vivió hace unos mil años en la frontera mesoamericana. La imagen muestra el momento en que los investigadores abrieron su fardo funerario dentro de una cueva de clima árido, cuyas condiciones permitieron conservar su cuerpo durante casi un milenio. A partir de restos intestinales y un coprolito, los científicos lograron extraer ADN bacteriano y reconstruir su microbioma intestinal. Cortesía: René Cerritos Flores.
En una cueva semidesértica del estado de Hidalgo, al norte del altiplano central de México, un hallazgo arqueológico ha permitido mirar dentro del cuerpo —y del intestino— de un hombre que vivió hace casi un milenio.
Sus restos, excepcionalmente conservados en un fardo funerario prehispánico de fibras vegetales, han servido a un grupo de científicos mexicanos para reconstruir el microbioma intestinal antiguo de un individuo prehispánico: las comunidades de bacterias intestinales que habitaron su intestino y acompañaron su vida cotidiana.
El estudio, publicado en PLOS ONE, constituye la primera caracterización del microbioma intestinal prehispánico en México y uno de los pocos trabajos en el mundo que han recuperado ADN bacteriano antiguo a partir de tejidos humanos momificados.
El protagonista del estudio, bautizado como el hombre de Zimapán, fue un joven adulto —de entre 21 y 35 años— que murió durante el periodo Posclásico temprano (entre los años 900 y 1200 de nuestra era). Su cuerpo fue hallado en 2014 en el abrigo rocoso de El Saucillo, en los límites culturales de Mesoamérica y Aridoamérica, una franja donde convivían agricultores sedentarios y grupos seminómadas dedicados a la caza y la recolección. Esa frontera biocultural, tan marcada en los mapas arqueológicos, se refleja también en los microbios intestinales que aún reposan en su cuerpo.
El cuerpo y su entorno
El hallazgo fue reportado por habitantes locales y recuperado bajo supervisión del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH). El fardo mortuorio conservaba huesos, piel, fragmentos del tubo digestivo e incluso restos fecales adheridos a la cavidad abdominal.
Las condiciones de aridez, junto con la protección del abrigo rocoso, habían frenado la descomposición durante siglos. Los investigadores, liderados por René Cerritos, de la Comisión Intersecretarial de Bioseguridad de los Organismos Genéticamente Modificados (CIBIOGEM) y Santiago Rosas-Plaza, de la Universidad Nacional Autónoma de México, vieron en aquel cuerpo no solo un testimonio cultural, sino una cápsula biológica del pasado.
«En los tejidos momificados y en las paleoheces se esconden claves sobre la dieta, la salud y la ecología microbiana de nuestros ancestros», explica Rosas-Plaza en el estudio. Hasta hace pocos años, los análisis genéticos de este tipo eran impensables: las técnicas de secuenciación masiva de ADN antiguo han abierto la posibilidad de explorar incluso los genes degradados por el tiempo.
ADN antiguo, protocolos modernos
El equipo extrajo fragmentos del intestino y del material fecal, y los procesaron bajo estrictas condiciones de esterilidad para evitar contaminación moderna. El ADN fue aislado y amplificado mediante secuenciación del gen 16S rRNA, una herramienta que permite identificar comunidades bacterianas.
Se analizaron dos regiones del gen, V3 y V3–V4, en laboratorios de la UNAM y del Integrated Microbiome Resource, en Canadá, con controles negativos en cada paso, para detectar posibles contaminaciones.
El resultado fue asombroso: más de un millón de secuencias válidas correspondientes a bacterias que alguna vez poblaron el sistema digestivo del joven. Los científicos compararon estas secuencias con bases de datos modernas y con microbiomas humanos antiguos de otros contextos: suelos, compost, intestinos humanos actuales y restos de momias andinas o coprolitos medievales europeos.
Un mapa bacteriano del pasado
Entre las familias bacterianas más abundantes destacaban las Peptostreptococcaceae, las Clostridiaceae, las Enterobacteriaceae, las Enterococcaceae y las Lachnospiraceae, todas habituales en el intestino humano. La presencia de estos grupos sugiere que parte del microbioma original se conservó durante casi un milenio, a pesar del deterioro del ADN.
Una de las sorpresas fue la detección de Romboutsia hominis, una bacteria identificada por primera vez en el intestino humano en tiempos modernos y nunca antes registrada en microbiomas antiguos. Su hallazgo en el intestino momificado de Zimapán refuerza la autenticidad del material genético y la posibilidad de que este individuo conserve bacterias genuinamente intestinales.
El análisis multivariante, mediante coordenadas principales (PCoA), mostró que el perfil microbiano del joven de Zimapán se sitúa entre los microbiomas humanos antiguos —como los de las momias andinas— y los modernos, con una composición más cercana a los microbiomas del colon humano actual que a los de suelos o compost.
Sin embargo, alrededor del 90 % de las secuencias no pudo asignarse a ninguna fuente moderna conocida, lo que sugiere la existencia de bacterias desaparecidas o evolucionadas.
Clostridios, plantas e insectos: pistas de su dieta
El estudio resalta el papel de Clostridium, un género que cumple funciones metabólicas esenciales en el intestino humano: fermenta polisacáridos y produce ácidos grasos de cadena corta, fundamentales para la salud intestinal. Los clostridios fueron también abundantes en las momias precolombinas del Perú y en el célebre Hombre de Hielo de los Alpes, también conocido como Ötzi y Hombre de Similaun. Su persistencia a lo largo del tiempo sugiere que eran componentes estables del microbioma humano preindustrial.
Los investigadores proponen una hipótesis especialmente sugerente: algunos clostridios antiguos podrían haber ayudado a digerir quitina, un polisacárido presente en los exoesqueletos de insectos. En la región de Hidalgo, la entomofagia —el consumo de insectos— tiene raíces prehispánicas bien documentadas, desde escamoles hasta chapulines.
«El alto número de bacterias del género Clostridium podría reflejar una dieta basada en insectos, un hábito que pervive en muchas comunidades del Valle del Mezquital», señala el artículo.
Otro grupo abundante, las bacterias de la famili Lachnospiraceae, participa en la descomposición de fibras vegetales y en la producción de ácidos grasos beneficiosos. Su presencia sugiere que el joven de Zimapán mantenía una dieta rica en plantas, probablemente basada en recursos locales como agaves, yucas, mezquites y nopales, típicos de un entorno semiárido.
En cambio, bacterias emblemáticas del microbioma moderno, como la Bacteroides y la Prevotella, aparecieron en cantidades mínimas o ausentes, una diferencia que podría reflejar tanto la degradación del ADN como cambios profundos en los hábitos alimenticios a lo largo de los siglos.
Qué nos dice este microbioma sobre la evolución humana
La zona donde vivió el hombre de Zimapán era un punto de contacto entre civilizaciones agrícolas y pueblos cazadores-recolectores. Esa mezcla se vislumbra también en los microbios de su intestino, que muestran afinidades con microbiomas de poblaciones no industrializadas, grupos que mantienen dietas tradicionales y escasa exposición a antibióticos o alimentos procesados.
En el análisis comparativo, los investigadores observaron que los microbiomas de comunidades rurales o agropastoriles actuales presentan una diversidad bacteriana mayor que la de los entornos urbanos globalizados, un contraste que podría tener implicaciones en salud intestinal y microbiota humana.
«El estudio del microbioma antiguo nos permite entender cómo la industrialización y la globalización han transformado nuestra biología invisible», señala Cerritos.
Cambios en la dieta, en el uso de antibióticos y en la exposición ambiental han modificado el equilibrio de bacterias intestinales, reduciendo ciertos grupos ancestrales como Treponema, presentes en los microbiomas de cazadores-recolectores y en restos humanos antiguos.
Fardo funerario y restos del hombre de Zimapán, hallados en una cueva árida de Hidalgo. Su conservación permitió estudiar su microbiota intestinal milenaria. Cortesía: René Cerritos Flores.
Control de contaminación y rigor científico
Los autores fueron extremadamente cautelosos frente a la posibilidad de contaminación ambiental. Aunque las muestras fueron limpiadas y procesadas en salas estériles, algunas bacterias del entorno —como Jeotgalicoccus, asociada a sedimentos marinos— aparecieron en pequeñas proporciones.
El equipo lo atribuye a la infiltración natural de microorganismos del suelo a lo largo de los siglos, un fenómeno habitual en muestras arqueológicas.
Aun así, la consistencia entre los perfiles bacterianos del intestino y las paleoheces o coprolitos refuerza la autenticidad del hallazgo. Los controles negativos, procesados simultáneamente, mostraron comunidades microbianas completamente distintas, lo que descarta contaminación sistemática. La coincidencia de resultados en dos laboratorios independientes —uno en México y otro en Canadá— confiere solidez al trabajo.
Limitaciones y próximos pasos
El estudio es, sin embargo, solo una primera aproximación. La técnica de 16S rRNA permite identificar géneros bacterianos, pero no reconstruir genomas completos ni funciones metabólicas. Los autores sugieren aplicar en el futuro enfoques metagenómicos, capaces de recuperar fragmentos más largos de ADN y analizar la funcionalidad del microbioma antiguo.
Estos métodos podrían confirmar si las especies detectadas conservan firmas moleculares de ADN antiguo auténtico y revelar genes asociados a la digestión de polisacáridos vegetales o quitinosos.
Pese a sus limitaciones, la investigación abre una ventana inédita al pasado biológico del México prehispánico. «Hemos demostrado que es posible recuperar el microbioma intestinal de un individuo de hace mil años y que ese microbioma conserva información sobre su modo de vida», concluye el equipo.
Un espejo de la evolución del intestino humano
Los microbiomas antiguos no solo reconstruyen dietas; también permiten rastrear la evolución de las bacterias humanas y su relación con el ser humano. Desde que nuestros ancestros empezaron a cocinar, domesticar plantas y criar animales, sus microbiotas se han ido adaptando a nuevas condiciones ecológicas. El intestino humano moderno, moldeado por la vida urbana y la medicina moderna, dista mucho del de nuestros antepasados.
Estudios comparativos muestran que la microbiota intestinal moderna ha perdido diversidad y con ella ciertas funciones protectoras. La desaparición de bacterias simbióticas podría estar relacionada con el aumento de enfermedades inflamatorias, alergias o trastornos metabólicos.
En ese sentido, los restos del joven de Zimapán no solo son un testimonio arqueológico, sino también un recordatorio de cómo la salud humana se entrelaza con ecosistemas invisibles que evolucionan junto a nosotros.
Muestra de paleoheces o coprolito del individuo de Zimapán, con ADN conservado que permitió reconstruir su microbioma de hace mil años. Cortesía: René Cerritos Flores.
Ciencia mexicana en la vanguardia del pasado
El trabajo destaca también por su origen: se trata de una colaboración completamente mexicana, con participación del INAH, la Facultad de Medicina de la UNAM y el Instituto de Ecología.
A diferencia de otros estudios paleogenómicos liderados por laboratorios extranjeros, este proyecto demuestra la capacidad científica mexicana para abordar preguntas de frontera con infraestructura nacional.
La doctora Luisa Mainou, del INAH, subraya que la conservación del patrimonio biológico y cultural requiere una mirada interdisciplinaria. «Cada fardo mortuorio es una biblioteca biológica: en él se mezclan la historia cultural y la historia microbiana de las personas», comenta Mainou. La integración de arqueología, antropología y biología molecular permite leer esos textos invisibles.
Una cápsula de ADN y tiempo
La historia del joven de Zimapán se suma así a una corta pero creciente lista de retratos bacterianos de la Antigüedad: el Hombre del Hielo de los Alpes, las momias andinas del Perú, los coprolitos medievales de Bélgica o los restos africanos de la Edad del Hierro. Cada uno aporta una pieza al rompecabezas de la evolución microbiana humana. Pero este caso, al ubicarse en el corazón de México, abre una nueva ruta para el estudio del microbioma antiguo en América y ofrece un puente entre los mundos mesoamericano y aridoamericano.
El joven, quizá un cazador o agricultor otomí, no sabía que sus bacterias sobrevivirían al paso de los siglos. Hoy, su intestino revela no solo lo que comió, sino cómo vivió y qué ecosistemas microscópicos compartía con su entorno. En palabras de los autores, «el estudio de los microbiomas antiguos nos ayuda a entender nuestra relación con los microorganismos antes de que la modernidad los transformara».
En un país donde la arqueología suele mirar las pirámides, esta investigación recuerda que las verdaderas pirámides del tiempo también están dentro de nosotros, en las colonias bacterianas que heredamos —y perdemos— con cada generación.▪️
Fuente: Santiago Rosas-Plaza, Luisa Mainou,Gabriela Delgado, Rosario Morales, Ariana Aguilar-Romero, Ana E. Escalante, Rene Cerrito. Microbiome characterization of a pre-Hispanic man from Zimapán, Mexico: Insights into ancient gut microbial communities. PLOS One (2025). DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0331137
