Cómo los microbiomas de los granos de cacao son clave para obtener los mejores sabores del chocolate
Detrás del aroma inconfundible del buen chocolate no solo está el cacao, sino también un ejército invisible de seres invisibles. Un estudio revela cómo bacterias y hongos de la fermentación dictan si una tableta será plana y amarga o un festín de sabores finos y complejos.
Por Enrique Coperías
Las vainas de cacao, frutos del árbol Theobroma cacao, encierran los granos que, tras fermentación y tostado, se convierten en la materia prima esencial para elaborar chocolate y otros productos de cacao. Cortesía: Mimi Chu Leung
¿De dónde procede realmente el sabor único del mejor chocolate? ¿Qué convierte a unas habas de cacao en una materia prima capaz de evocar notas de flores, madera o caramelo, mientras que otras solo producen tabletas planas, ásperas y amargas?
Un grupo internacional de investigadores, con participación de universidades británicas, colombianas y del Caribe, acaba de ofrecer una respuesta que podría cambiar la forma en que entendemos –y producimos– uno de los alimentos más apreciados del planeta.
El estudio, publicado en la revista Nature Microbiology, demuestra que las claves de ese viaje sensorial no residen tanto en la genética del cacao como en un proceso que, hasta ahora, se había mantenido en la frontera entre el arte, la tradición y la ciencia: la fermentación de las habas de cacao.
Y lo hace con una propuesta que parece sacada de la enología o de la quesería: usar comunidades microbianas definidas, diseñadas en laboratorio, capaces de reproducir de manera controlada las características que dan lugar al llamado chocolate fino de aroma. Algunas notas de sabor comunes en este incluyen sabores florales, afrutados, de nuez y especiados.
El azar de los microorganismos
La fermentación del cacao es, desde hace siglos, un proceso espontáneo. Tras la cosecha, los agricultores de cacao colocan las mazorcas abiertas en cajas de madera o montones cubiertos con hojas. Allí, la pulpa que rodea las semillas se convierte en el sustrato ideal para que bacterias y hongos ambientales comiencen a trabajar.
Durante varios días, estas comunidades microbianas transforman los azúcares y compuestos del cacao. Entretanto, generan calor, modifican la acidez y liberan moléculas que, tras el secado y el tostado, se traducirán en los aromas y los sabores del chocolate.
A diferencia de lo que ocurre con el vino, la cerveza o el queso, donde la industria lleva décadas utilizando levaduras y bacterias seleccionadas, el cacao ha seguido dependiendo del azar. Cada región productora de cacao, cada finca e incluso cada temporada puede producir perfiles distintos, con diferencias tan marcadas que los catadores de chocolate distinguen sin problemas entre un cacao de Colombia, de Ghana y de Madagascar.
«La fermentación es un proceso natural impulsado por microorganismos que suele tener lugar directamente en las plantaciones de cacao, donde los granos cosechados se apilan en cajas, montones o cestas —explica el investigador David Gopaulchan, primer autor del artículo. Y añade—: En esos entornos, bacterias y hongos del ambiente descomponen la pulpa y los granos, y producen compuestos químicos que están en la base del sabor y aroma del chocolate».
Pero este es un proceso espontáneo y, en gran medida, incontrolado. «Los agricultores —dice Gopaulchan— apenas pueden influir en qué microbios dominan o cómo evoluciona la fermentación. Como resultado, la calidad y el sabor de los granos varían enormemente entre cosechas, fincas, regiones e incluso países».
La investigación en Colombia
El equipo científico, liderado por la Universidad de Nottingham, en el Reino Unido, y el Centro de Investigación en Cacao de la Universidad de las Indias Occidentales, en Trinidad y Tobago, decidió poner orden en ese caos. Tomaron como punto de partida fermentaciones naturales realizadas en tres regiones de Colombia: Santander, Huila y Antioquia. Allí midieron con detalle cómo evolucionaban parámetros como la temperatura y el pH de las habas, y secuenciaron el ADN de las comunidades microbianas implicadas.
Los resultados confirmaron lo que los agricultores intuían desde hace generaciones: las fermentaciones no son todas iguales. Santander y Huila mostraron trayectorias muy similares, con un aumento progresivo de la temperatura y cambios bien definidos en la acidez. En Antioquia, en cambio, el patrón fue completamente distinto, lo que se reflejó en un perfil de sabor más cercano al de los cacaos de uso masivo en África Occidental.
Un panel de catadores entrenados lo corroboró: las muestras de Santander y Huila compartían atributos con chocolates de prestigio, como los de Madagascar, mientras que las de Antioquia se alineaban con referencias más planas, propias del mercado de volumen.
La fermentación del cacao, un proceso espontáneo y ancestral, transforma la pulpa de las mazorcas en un laboratorio natural donde bacterias y hongos generan los compuestos que darán al chocolate su aroma y sabor característicos. Foto: Pablo Merchán Montes
Microbios con acento local
El análisis genómico permitió entender por qué. En las primeras horas de fermentación predominaban bacterias de la familia Erwiniaceae, que daban paso luego a las Acetobacteraceae, mientras que entre los hongos destacaban las levaduras de la familia Saccharomycetaceae. Este relevo, casi coreografiado, resultó ser fundamental para la transformación del grano.
Sin embargo, la proporción de unas u otras variaba entre regiones, lo que daba lugar a resultados divergentes.
Los investigadores descubrieron también un fenómeno curioso: las bacterias presentes en las paredes de las cajas de fermentación actuaban como una especie de memoria microbiana, esto es, garantizaba cierta continuidad entre cosechas. En cambio, los hongos dependían más de fuentes ambientales diversas, lo que explicaría por qué la huella local es tan marcada.
Flavour by design: diseñar el gusto del cacao
La gran novedad del trabajo es que los científicos no se quedaron en la mera descripción. A partir de cientos de genomas microbianos reconstruidos en laboratorio, identificaron qué rutas metabólicas eran esenciales para generar compuestos aromáticos ligados al chocolate de calidad: desde enzimas capaces de producir precursores de notas afrutadas hasta otras responsables de reducir la astringencia o de aportar matices de caramelo.
Con esta información, seleccionaron un pequeño grupo de nueve microorganismos —cinco bacterias y cuatro hongos— que, en conjunto, reproducían más del 90% de la capacidad metabólica de las fermentaciones naturales exitosas. Con ellos crearon un consorcio sintético, una comunidad microbiana diseñada que bautizaron como SYNCOM.
El paso siguiente fue decisivo: aplicar este cóctel controlado a fermentaciones experimentales en cajas pequeñas. Los resultados fueron asombrosos. Las curvas de pH y temperatura siguieron patrones idénticos a los de Santander y Huila, y los análisis químicos mostraron la aparición de los mismos compuestos aromáticos. Lo más relevante llegó con la prueba de fuego: el panel de catadores detectó en el chocolate resultante las notas complejas propias del fine flavour, desde la madera ligera hasta los aromas florales y de panela.
Igual que para la cerveza y el queso
Para Gopaulchan, los hallazgos marcan un punto de inflexión: «Lo importante es que hemos demostrado que los productores pueden apoyarse en marcadores medibles, como valores concretos de pH y de temperatura o de la dinámica de ciertos microorganismos, para predecir de manera fiable el resultado en sabor».
Eso significa, según este experto pasar de fermentaciones espontáneas y variables a un proceso estandarizado, basado en datos y orientado a la excelencia sensorial.
Gopaulchalo compara con otras revoluciones alimentarias:
«Así como las levaduras seleccionadas transformaron la producción de cerveza y queso, el cacao está preparado para su propia transformación. Estamos, en cierto modo, domesticando la fermentación. Esta base abre una nueva era en la producción de chocolate, en la que starters definidos podrán estandarizar el proceso, desbloquear nuevas posibilidades de sabor y elevar la calidad del chocolate a escala global».
El sabor del chocolate depende de tres factores clave en la fermentación del cacao: la temperatura, los cambios de pH y las comunidades microbianas. Su combinación determina si el resultado será un cacao “bulk”, más amargo y simple, o un cacao fino, propio de la alta chocolatería. Cortesía: Kawê Rodrigues
Más allá del laboratorio
El hallazgo abre la puerta a algo que hasta ahora parecía imposible: estandarizar la producción de cacao fino sin depender del azar de la naturaleza. Con starters microbianos definidos, o sea, mezclas diseñadas en laboratorio de bacterias y levaduras específicas que se añaden a la fermentación del cacao para controlar el proceso y reproducir sabores consistentes y de calidad, cualquier finca podría reproducir perfiles de sabor consistentes, del mismo modo que una bodega utiliza levaduras seleccionadas para garantizar la calidad de su vino.
Las implicaciones son enormes:
✅ Para los agricultores. El cacao de aroma fino representa apenas entre el 5% y el 10% de la producción mundial, pero alcanza precios hasta tres veces más altos que el cacao bulk, también llamado cacao corriente o de uso masivo. Poder asegurar una fermentación que genere ese perfil podría transformar la rentabilidad de miles de pequeños productores en América Latina, África y Asia.
✅ Para la industria chocolatera. Hasta ahora, los grandes fabricantes debían lidiar con la variabilidad de la materia prima, mezclando orígenes para obtener cierta estabilidad. Con starters controlados, podrían aspirar a reproducir exactamente el sabor que buscan, ya sea una tableta floral y afrutada o un chocolate con notas más tostadas y amaderadas.
✅ Para los consumidores. La estandarización no tiene por qué borrar la diversidad. Al contrario, podría permitir explorarla de manera más consciente. Si los microorganismos son responsables de gran parte del terroir del cacao —concepto tomado del vino que describe la influencia del entorno local (suelo, clima, altitud, vegetación, prácticas agrícolas y hasta los microbios propios de cada región) en el sabor y aroma del cacao—, manipularlos abre la posibilidad de crear denominaciones de origen microbiana, en las que cada starter resuma la identidad de una región.
Ciencia, tradición y futuro
El estudio también toca la fibra sensible de los artesanos: ¿qué ocurre con la magia artesanal del cacao cuando entra la biotecnología? Los autores insisten en que su objetivo no es sustituir el conocimiento tradicional, sino darle herramientas.
En efecto, así como los viticultores combinan la sabiduría ancestral con técnicas modernas, los cacaoteros o cacaocultores podrían aprovechar starters diseñados para potenciar las características de su entorno, no para homogeneizarlo.
De hecho, los investigadores subrayan que no existe una única receta para el buen chocolate. Lo que han demostrado es que los consorcios microbianos se pueden diseñar y ajustar, y que al hacerlo se pueden reproducir fermentaciones exitosas. Eso no significa que desaparezcan las variaciones regionales, sino que estas se vuelven más comprensibles y manejables.
Un nuevo horizonte para el cacao
La conclusión es obvia: el sabor del chocolate fino no es un misterio insondable, sino el resultado de interacciones muy concretas entre microbios, temperatura, acidez y tiempo. Al descifrarlas y reproducirlas, la ciencia ofrece al cacao un futuro más predecible y justo, en el que calidad y sostenibilidad vayan de la mano.
«Lo que antes era un proceso impredecible y sometido al azar ahora puede convertirse en una herramienta poderosa para que los productores diseñen chocolates consistentes, ricos en matices y de alta calidad —asegura Gopaulchan. Y concluye—: Estamos ante la posibilidad real de una revolución similar a la que vivieron otros alimentos fermentados. Una revolución guiada por los microbios, respaldada por datos y orientada a la excelencia del sabor».
Si la promesa se cumple, estamos ante el inicio de una nueva era: la del chocolate de precisión, donde bacterias y levaduras seleccionadas serán tan importantes como el origen del grano o la habilidad del chocolatero. ▪️
Información facilitada por la Universidad de Nottingham
Fuente: Gopaulchan, D., Moore, C., Ali, N. et al. A defined microbial community reproduces attributes of fine flavour chocolate fermentation. Nature Microbiology (2025). DOI: https://doi.org/10.1038/s41564-025-02077-6
