Qué es una microbiota intestinal saludable: el mayor estudio hasta la fecha identifica las bacterias «buenas» y «malas» del intestino
La mayor investigación realizada sobre microbiota intestinal, con más de 34.000 personas, revela por primera vez qué bacterias se asocian de forma consistente con una buena salud metabólica —y cuáles no. El estudio redefine qué significa tener un «intestino saludable» y abre el camino a una nutrición verdaderamente personalizada.
Por Enrique Coperías
Los billones de bacterias microscópicas que habitan en nuestro intestino desempeñan un papel desproporcionadamente enorme en nuestra salud, según una nueva investigación. Crédito: IA-Copilot-RexMolón-Producciones
Una frase instalada en nuestra sociedad es que «tenemos billones de microbios en el intestino y su ADN pesa más que nuestro propio genoma». Pero a la hora de la verdad, nadie podía responder con precisión a la pregunta crucial: ¿cómo es una microbiota intestinal realmente saludable?
Sabíamos que influía en la digestión, la inflamación, el metabolismo, incluso en la salud cardiovascular. Pero desconocíamos qué bacterias concretas actuaban como aliadas y cuáles podían ser perjudiciales.
Esa incertidumbre empieza a disiparse. Un gigantesco estudio internacional con más de 34.000 participantes del Reino Unido y Estados Unidos ha elaborado el mapa más completo hasta la fecha de las especies microbianas asociadas a mejores o peores indicadores de salud humana. Sus autores han bautizado esta clasificación como ZOE Microbiome Health Ranking 2025, una suerte de clasificación nutricional–microbiana que podría convertirse en referencia para futuras investigaciones, y quizá para la nutrición personalizada del mañana.
🗣️ «Existe una relación muy compleja entre los alimentos que comemos, la composición de nuestra microbiota intestinal y los efectos que esta tiene sobre nuestra salud. La única forma de intentar trazar estas conexiones es disponer de muestras lo suficientemente grandes», afirma Nicola Segata, uno de los autores e la investigación e investigador de la Universidad de Trento, en Italia.
Un elenco de bacterias desconocidas
El trabajo, publicado en la revista Nature, analiza no solo la composición de la microbiota, sino también marcadores clínicos, hábitos dietéticos, datos antropométricos y respuestas metabólicas postprandiales, o se, lo que le ocurre a tu cuerpo después de comer.
La escala es inédita: cinco grandes cohortes armonizadas, desde estudios previos del PREDICT —una serie de grandes estudios científicos internacionales diseñados para comprender cómo responde cada persona a los alimentos y cómo esas respuestas dependen de factores como la microbiota intestinal y la genética— hasta nuevas campañas de muestreo, con protocolos estandarizados y un análisis metagenómico profundo. El objetivo: identificar qué bacterias se asocian sistemáticamente con niveles más saludables de glucosa, triglicéridos, colesterol, inflamación o riesgo cardiovascular.
La conclusión es tan reveladora como inquietante: la mayor parte de las bacterias saludables que aparecen en lo alto del ranking son desconocidas para la ciencia.
Qué bacterias forman una microbiota intestinal saludable, según la ciencia
A partir del análisis de 661 especies microbianas relativamente frecuentes en la población estudiada, los investigadores calcularon su correlación, ajustada por edad, sexo y masa corporal, con 37 marcadores de salud, desde el índice de riesgo cardiovascular ASCVD hasta la glucosa en ayunas y el tamaño de las lipoproteínas.
El resultado es un ranking continuo: las especies con valores cercanos a cero se asocian de manera más favorable a la salud, mientras que las que se acercan a uno muestran vínculos consistentes con peores indicadores.
Aquí llega la sorpresa: entre las cincuenta especies del top saludable, veintidós no han sido jamás cultivadas en laboratorio, y la mayoría del resto carece de nombre taxonómico formal o caracterización fenotípica. Es decir, vivimos rodeados de microorganismo que, a juzgar por este estudio, podrían beneficiarnos… y sin embargo no sabemos casi nada sobre ellos.
Entre las pocas excepciones conocidas están las bacterias Faecalibacterium prausnitzii y Eubacterium siraeum, viejas conocidas por su capacidad antiinflamatoria y productora de butirato. Este es un ácido graso que producen ciertas bacterias intestinales al fermentar fibra, y que sirve como energía para las células del colon y reduce la inflamación.
En el extremo contrario —el top perjudicial— dominan bacterias ya estudiadas previamente, como es el caso de la Ruminococcus gnavus, la Flavonifractor plautii y la Enterocloster bolteae; todas ellas están asociadas en estudios anteriores a la inflamación, los trastornos metabólicos o las enfermedades digestivas.
👉 La fotografía general apunta a una paradoja: sabemos mucho sobre las bacterias que quizá nos hacen daño y sorprendentemente poco sobre las que podrían ayudarnos a mantenernos sanos.
La dieta deja una huella microbiana identificable
De forma paralela al ranking de salud, el equipo generó un listado equivalente basado únicamente en indicadores de calidad dietética, como el Healthy Eating Index y el Plant-Based Diet Index. Ambas clasificaciones muestran una fuerte concordancia: los microbios asociados a mejores marcadores de salud suelen ser también los que aparecen en personas con dietas más equilibradas y ricas en alimentos vegetales. La correlación estadística entre ambos rankings es elevada.
Sin embargo, también surgieron excepciones interesantes: 65 especies mostraron comportamientos discordantes. Algunas bacterias, por ejemplo, prosperan en dietas más pobres, pero aun así parecen asociarse a ciertos efectos beneficiosos, quizá por su capacidad de fermentar distintos sustratos y producir metabolitos saludables como los ácidos grasos de cadena corta.
Es el caso de Harryflintia acetispora, una especie capaz de usar azúcares simples y generar compuestos reguladores de la inflamación.
🗣️ «Estas 65 bacterias son una prueba de que la situación es aún más compleja de lo que creíamos—afirma Segata—. Los efectos pueden depender de otros microbios presentes, de la cepa específica de la bacteria o de la dieta concreta».
Los científicos analizaron 661 especies microbianas y su vínculo con 37 marcadores de salud, revelando que la calidad del microbioma no depende tanto de su diversidad total como de la composición específica de bacterias que lo integran.
Microbiota y peso: una relación robusta a escala global
Curiosamente, el índice de masa corporal (BMI) no formaba parte del sistema de puntuación. Aun así, los investigadores quisieron comprobar después si el ranking era capaz de distinguir entre personas con diferente peso corporal. El resultado fue sorprendentemente claro, ya que cuanto más saludable era el perfil microbiano según la escala ZOE, menor era el BMI de la persona, incluso tras corregir por edad y sexo. La correlación global entre el ranking y el BMI alcanzó una notable correlación.
Hay que decir que este patrón se replicó en veintisiete cohortes públicas adicionales, con más de 5.300 individuos. En estos datos independientes, quienes tenían un peso saludable albergaban cinco especies beneficiosas más, de media, que las personas con obesidad. Y a su vez mostraban menor presencia de bacterias clasificadas como desfavorables.
👉 En otras palabras: el ranking no solo funciona en las cohortes originales, sino también como un indicador reproducible en distintos países, edades y estilos de vida.
La microbiota como biomarcador de enfermedad: diabetes, cáncer colorrectal y EII
El estudio también analizó si las especies mejor o peor puntuadas podían distinguir entre personas sanas y pacientes de enfermedades como diabetes de tipo 2, cáncer colorrectal, enfermedad inflamatoria intestinal (EII) y enfermedad cardiovascular. Para ello, recurrieron a veintinco estudios de casos y controles con 4.816 participantes.
Tal y como apunta Francesco Asnicar, coautor del estudio e investigador en el Departamento CIBIO de la Universidad de Trento, los resultados fueron bastante consistentes:
✅ Los individuos sanos tenían más bacterias favorables y menos especies perjudiciales.
✅ Esta diferencia era especialmente marcada en diabetes de tipo 2, donde el índice microbiano separaba con mayor claridad los grupos.
✅ El efecto era más fuerte y fiable que el que ofrecían medidas clásicas de diversidad microbiana, como la riqueza de especies.
Esto refuerza la idea de que no importa tanto la diversidad como la composición concreta: tener muchas bacterias no equivale necesariamente a tener buenas bacterias.
¿Puede la dieta mejorar la microbiota? Evidencia de ensayos clínicos reales
Un aspecto clave del estudio es que no se limita a correlaciones. También analiza dos ensayos clínicos de intervención dietética: ZOE METHOD (347 personas) y ZOE BIOME (349 personas). Ambos ensayos comparan distintas mejoras dietéticas, desde premezclas de prebióticos hasta programas personalizados de alimentación, y sus efectos en marcadores metabólicos y en la microbiota. Y los resultados son elocuentes:
1️⃣ En quienes mejoraron la calidad de su dieta aumentaron las bacterias con mejor puntuación en el ranking.
✅ En el ensayo BIOME, especies como Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium longum, Anaerobutyricum hallii y Coprococcus catus, todas productoras de compuestos beneficiosos, aumentaron tras la intervención.
✅ Al mismo tiempo disminuyeron especies asociadas a peor salud, como Dysosmobacter welbionis.
2️⃣ Los cambios microbianos iban acompañados de mejoras metabólicas.
En el ensayo METHOD, quienes siguieron un programa nutricional personalizado redujeron la concentración en sangre de triglicéridos, la de glucosa en sangre, bajaron de peso y acortaron el perímetro de cintura, al tiempo que aumentó la presencia en sus intestinos de bacterias como la Roseburia hominis, otro conocido productor de butirato.
3️⃣ La dirección de los cambios era predecible gracias al ranking.
Las especies que crecían tras una intervención dietética saludable solían tener una puntuación microbiana favorable, mientras que las que disminuían se situaban en la zona roja del ranking. Esto refuerza su utilidad como herramienta para interpretar y comparar estudios nutricionales futuros.
Limitaciones y próximos pasos: la causalidad aún no está demostrada
Pese a la magnitud del estudio, sus autores advierten de una limitación fundamental: no es posible aún establecer causalidad. Es decir, no sabemos si ciertas bacterias mejoran la salud o si simplemente prosperan en personas que ya están más sanas por otros factores. Para demostrar causa y efecto serían necesarios estudios diseñados para introducir o eliminar especies concretas de la microbiota humana, algo todavía técnicamente complejo.
Aun así, el estudio marca un antes y un después. Por primera vez, la ciencia dispone de un barómetro cuantitativo y reproducible para evaluar si una microbiota es más o menos favorable. Y ese barómetro parece funcionar igual en distintos países, dietas y cohortes de investigación.
Quizá no sepamos todavía cuál es el microbioma ideal, pero sí disponemos ya de la brújula que orientará las investigaciones para encontrarlo.
Puerta abierta a la nutrición de precisión
El mayor legado del estudio podría estar en su aplicabilidad. El ranking ofrece una forma sistemática de evaluar si una intervención dietética —o incluso un suplemento o probiótico— modifica la microbiota en la dirección que la evidencia asocia con mejor salud cardiometabólica.
También permite comparar estudios que antes eran difíciles de armonizar por usar bases de datos o referencias taxonómicas distintas.
Al mismo tiempo, revela lo mucho que ignoramos: nuestros aliados bacterianos más prometedores son exactamente los que aún no hemos logrado cultivar en el laboratorio. Una llamada urgente a invertir en nuevas herramientas de cultivo, genómica y biología sintética que permitan descifrar su función real.
Tras décadas de entusiasmo y confusión en torno a la microbiota, este estudio aporta algo que faltaba: una definición operativa. No una lista cerrada de bacterias buenas, sino un sistema basado en datos masivos capaz de puntuar cualquier muestra intestinal según su cercanía a perfiles asociados con buena salud.
No es el final del camino, pero sí el primer mapa fiable para navegar el ecosistema microbiano más influyente de nuestro cuerpo.▪️
Fuente: Asnicar, F., Manghi, P., Fackelmann, G. et al. Gut micro-organisms associated with health, nutrition and dietary interventions. Nature (2025). https://doi.org/10.1038/s41586-025-09854-7
